Der japanische Schüler Yugi Muto erhält ein altes, ägyptisches, dreidimensionales Puzzle, das niemand zusammensetzen kann und versucht es zu lösen. Dies verändert sein ganzes Leben, denn als er das „Millenniumspuzzle“ zusammensetzt, weckt er den Geist des alten Pharaos, dessen Gedächtnis gelöscht wurde und mit dem er nun einen Körper teilt. Mit Hilfe des Kartenspiels Duel Monsters versuchen Yugi und Yami, wie der Pharao angesprochen werden möchte, das verlorene Gedächtnis des Pharaos wiederherzustellen.

Viele böse Mächte sind hinter dem Millenniumspuzzle und seiner Macht her, doch gemeinsam mit seinen Freunden Joey Wheeler, Téa Gardner und Tristan Taylor stellt er sich ihnen entgegen.

Charaktere

Zuerst werden die Namen laut deutschen Manga angegeben , der sich nach den japanischen Originalnamen richtet, jedoch in westlicher Namensreihenfolge (Rufname vor Familienname). Hinter dem Schrägstrich werden die Namen in der deutschen Animefassung angeführt, die sich nach den US-amerikanischen richten.

• Yugi Mutô Yugi Muto ist für sein Alter (16 Jahre) sehr klein und wird deshalb sehr oft von anderen gehänselt. Er ist immer freundlich und hilfsbereit und er kann mit Yami Yugi durch das Millenniumspuzzle Verbindung aufnehmen. Durch die Freundschaft mit dem Pharao wurde er immer mutiger und erwachsener.

• Yami Yugi Pharao Atem ist ein ca. 3000 Jahre alter Pharao der 18. Dynastie (4Kids und deren Lizenznehmer geben das Alter mit 5000 Jahren wieder). Er ist sehr geheimnisvoll und sein Geist lebt im Inneren von Yugis Millenniumspuzzle. In der ersten in Deutschland veröffentlichten Staffel wird am Ende sein Name, Yami (zu Deutsch: „Finsternis/Dunkelheit"), preisgegeben. In der „Doom"-Staffel wird er schlicht Pharao genannt. Im späteren Verlauf des Animes wird sein wahrer Name, Atem, enthüllt. Und er verabschiedet sich im letzten Duell gegen Yugi von ihm und seinen Freunden, um in die Geisterwelt einzutreten.

• Anzu Mazaki (真崎 杏子 Mazaki Anzu)/Tea Gardner ist die beste Freundin von Yugi. Nach der Schule möchte sie nach New York um dort tanzen zu lernen.

• Hiroto Honda (本田 ヒロト Honda Hiroto)/Tristan Taylor ist ein Freund von Yugi. Früher hat er zusammen mit Joey Yugi gehänselt. Das änderte sich, als dieser die beiden in einer Schlägerei mit dem Hausmeister ihrer Schule unter Einsatz seines Lebens gerettet hat.

• Katsuya Jonouchi (城之内 克也 Jōnouchi Katsuya)/Joey Wheeler ist Yugis bester Freund und entwickelt sich im Laufe der Handlung zu einem sehr guten Duellanten. Er sorgt sich vor allem um seine Schwester Shizuka Kawai/Serenity Wheeler(Kawai ist der Geburtsname ihrer Mutter, bei der sie getrennt lebt), die an einer Augenkrankheit leidet. Aber mit dem Preisgeld des Königreichs der Duellanten konnte er eine Operation bezahlen. Joey kann Kaiba überhaupt nicht leiden, weil er sich immer über seine Duellfähigkeiten lustig macht und nicht als Duellant ansieht.

• Seto Kaiba (海馬 瀬人 Kaiba Seto) ist der Besitzer einer ganzen Spielefirma, der Kaiba Corporation, und einer von Yugis Erzfeinden. Sein Bruder Mokuba hält immer zu ihm. Er war der ungeschlagene Meister in Duel Monsters, bis Yugi ihn besiegte. Seto und Mokuba haben einen Autounfall überlebt, wobei ihre Eltern starben. Der große Besitz ihrer Eltern, den sie erben sollten, wurde ihnen von ihren Verwandten weggenommen. Sie wurden als Waisenkinder von Gozaburo Kaiba, dem weltbesten Schachspieler, adoptiert, weil dieser von Seto geschlagen wurde. Seitdem trägt Seto Kaiba auch den Titel „Schachweltmeister". Seto hat unter anderem die drei legendären Karten des „Weißen Drachen mit eiskaltem Blick" in seinem Deck. Nachdem Kaiba von Ishizu die Ägyptische Götterkarte "Obelisk, den Peiniger" erhalten hat, veranstalte er das Battle City-Turnier in Domino, um die anderen beiden zu bekommen, scheitert im Halbfinale aber wieder gegen Yugi. Kaiba hat einen verstorbenen Stiefbruder Namens Noah. In der ersten Serie hat er versucht, Yugi und seine Freunde mit dem Projekt „Death-T“ zu töten.

• Ryou Bakura (獏良 了 Bakura Ryō)/Bakura selbst ist ein Freund von Yugi. Allerdings ist er im Besitz des Millenniumsrings, dessen böser Geist (Yami Bakura), ein ca. 3000 (5000 in der 4Kids Fassung) Jahre alter Grabräuber, immer wieder von ihm Besitz ergreift. Dieser Geist will alle Millenniumsgegenstände an sich reißen, um die Weltherrschaft zu erlangen. Sein Vater ist Archäologe. Dieser hat den Millenniumsring auf einem ägyptischen Basar erstanden und später seinem Sohn geschenkt.

• Pegasus J. Crawford/Maximillion Pegasus ist der Erfinder von Duel Monsters. Er veranstaltete ein Turnier im „Königreich der Duellanten“, weil er alle Millenniumsgegenstände haben wollte um seine geliebte Verlobte Cecelia wieder zu beleben. Sein Millenniumsauge ist sein wertvollster Besitz. Durch diesen Millenniumsgegenstand kann er die Gedanken anderer lesen und Seelen in Karten einsperren. Er verliert das Millenniumsauge in einem „Spiel der Schatten“ gegen den Geist des Millenniumsrings (Bakura).

• Marik Ishtar (マリク・イシュタール) ist eigentlich ein Grabwächter des Pharaos. Jedoch brachte der Wunsch danach, die Außenwelt anstatt seiner unterirdischen Heimat zu sehen, und der Zorn seines Vaters darüber seine dunkle Seite hervor, bekannt als Yami Marik. Yami Marik schickte seinen Vater mit dem Millenniumsstab ins Reich der Schatten, jedoch konnte Odion ihn davon abhalten, noch mehr dorthin zu schicken. Da der Junge am selben Tage Shadi/Schah Dee begegnete, glaubt er, der Pharao hätte seinen Vater ins Reich der Schatten geschickt - seitdem sinnt er auf Rache. Er will die so genannten „Ägyptischen Götterkarten“ in seinen Besitz bringen, um so den Pharao ins Reich der Schatten zu schicken und so selbst Pharao beziehungsweise Weltherrscher zu werden. Seine ältere Schwester Ishizu Ishtar ist im Besitz der Millenniumskette, und will unbedingt Mariks gute Seite ans Licht bringen. Als Odion von Joey in den Battle City-Finalrunden besiegt wurde, erschien Yami Marik wieder, welcher in mehreren Duellen Mai und Bakura ins Reich der Schatten schickte, und Joey in die Bewusstlosigkeit duellierte. Nachdem Yugi ihn im Finale schlug, hörte er auf zu existieren, und seitdem gibt es den guten Marik wieder. Nach dem Turnier fahren die Ishtars wieder nach Ägypten zurück.

• Noah Kaiba (海馬 乃亜 Kaiba Noa) ist der wahre Sohn von Gozaburo Kaiba. Noah verlor bei einem Autounfall seinen Körper, sein Vater steckte seine Gedanken in die von ihm erschaffene virtuelle Welt, kurz bevor er Seto und Mokuba adoptierte, dort vergaß er seinen Sohn aber mehr und mehr. Der Aufenthalt in dem riesigen Rechner seines Vaters machte aus Noah ein wahres Genie, und nun will er sich an Kaiba rächen. Durch die Niederlage gegen Yugi war ihm dies aber nicht möglich, später zerstörte er die virtuelle Welt und löschte so sich und seinen Vater aus. Noah kommt nicht im Manga vor. Sein Outfit und seine Haare sollen eine Anspielung auf den Seto Kaiba der ersten Serie sein, dieser hat auch grüne Haare.

• Dartz (ダーツ Dātsu) ist der über 10.000 Jahre alte Herrscher über Atlantis. Er will mit den Duellantenseelen der drei auserwählten Duellanten Kaiba, Joey und des Pharaos den großen Leviathan wiedererwecken. Der Pharao besiegt ihn aber im Duell. Dartz kommt wie Noah nicht im Manga vor.

• Siegfried von Schroider (ジークフリード・フォン・シュレイダー Jīkufurīdo fon Shureidā)/Zigfried von Schröder ist der deutsche Konkurrent von Kaiba und Präsident der Schröder Corporation. Sie kannten sich schon als Kinder. Im KC Grand Championship möchte er sich mit seinem kleinen Bruder, Leon von Schröder an Kaiba rächen und will seine Firma, die Kaiba Corporation, lahmlegen, durch Yugi wird der Plan aber vereitelt. Am Ende der Serie wird im Abspann gezeigt wie er mit Pegasus verhandelt. Siegfried kommt wie Noah und Dartz nicht im Manga vor.

Die Millenniumsartefakte

Es gibt insgesamt sieben Millenniumsartefakte – das Puzzle, den Stab, die Kette, den Ring, das Auge, den Schlüssel (Ankh) und die Waage – alle mit verschiedenen Eigenschaften. Im Kinofilm taucht ein achter Gegenstand auf, die Pyramide des Lichts. Sie gehört Anubis, dem Totengott. Als das Millenniumspuzzle zusammengesetzt wurde, wurde sie aktiviert. Sie wird allerdings am Ende des Films zerstört.

• Das Millenniumspuzzle (oder Lot) muss, bevor es seine Macht entfalten kann, erst zusammengebaut werden. Es hat die Form einer umgedrehten Pyramide. Es gehört Yugi Muto, der es von seinem Großvater bekam. Wer das Puzzle besitzt, hat die Macht, einen Geist von bösen Gedanken zu befreien und jemandem die Wahrheit vor Augen zu führen. Früher zu Zeiten von Atem hatte der Pharao die Macht die Ägyptischen Götter zu rufen.

• Mit dem Millenniumsstab kann man den Geist von Menschen kontrollieren, soweit der Besessene sich nicht unglaublich stark gegen den Einfluss wehrt. Der Stab gehört Marik Ishtar, der ihn seinem Vater gestohlen hat, als er zum ersten Mal vom Bösen besessen war. Er überlässt ihn am Ende des Turniers Yugi. Im alten Ägypten war der Priester Seto sein Besitzer.

• Mit der Millenniumskette hat ihr Besitzer die Macht in die Zukunft und Vergangenheit zu blicken. Am Anfang gehört sie Isis Ishtar/Ishizu Ishtar, Mariks Schwester, doch später überlässt sie sie Yugi. Im alten Ägypten besaß sie als Priesterin Isis die Kette.

• Der Besitzer des Millenniumsrings kann in die Seele eines beliebigen Menschen sehen und dort sogar die geheimsten Wünsche und Ängste aufspüren. Er besitzt die Fähigkeit andere Millenniumsgegenstände zu finden. Im Ring wohnt ein mächtiger Geist, der über seinen Besitzer die Kontrolle ergreifen und auch mit der Kraft des Rings Seelen in Dinge bannen kann. Der Ring gehört Bakura. Im alten Ägypten war der mächtige Magier/Priester Mahad(o) sein Besitzer.

• Mit dem Millenniumsauge hat man die Macht, die Gedanken von Leuten in seiner Nähe zu lesen. Außerdem kann man mit ihm Seelen von Menschen in Duel-Monsters-Karten und Steintafeln einsperren. Der Besitzer des Auges muss es an Stelle seines eigenen Auges einsetzen, um es benutzen zu können. Das Auge gehört Pegasus J. Crawford/Maximilian Pegasus, bis der Geist des Millenniumsrings es bei einem Schattenduell gewinnt. Im alten Ägypten war Priester Akunadin der Besitzer des Auges.

• Der Millenniumsschlüssel (oder Ankh) lässt seinen Besitzer in den „Raum im Herzen" von Menschen eindringen und kann diesen beliebig verändern und so den Menschen kontrollieren. Er gehört Schadi/Schah Dee, dem Wächter der Millenniumsartefakte. Im alten Ägypten war Priester Shada sein Besitzer.

• Die Millenniumswaage kann das Böse und Gute in Menschen aufspüren. Sie gehört ebenfalls Shadi/Schah Dee. Im Manga richtet Shadi mit ihr über Personen folgendermaßen: auf die eine Seite der Waage kommt das (unsichtbare) Herz der bösen Person, auf die andere Seite die „Feder der Wahrheit". Dann stellt Shadi (Schah Dee) drei Fragen. Die Person, über die gerichtet wird, muss alle Fragen wahr beantworten, da ihre Seele sonst vom krokodilähnlichen Seelenfresser Ammit verspeist wird. Im alten Ägypten war Priester Karim sein Besitzer und konnte Monster damit fusionieren (miteinander verschmelzen).
  Hier treten wieder Parallelen mit der ägyptischen Mythologie hervor, denn auch dort glaubte man daran, dass nach dem Tode, bevor man ins Jenseits durfte, das Herz des Verstorbenen gegen die Feder der Maat aufgewogen wurde (vgl. auch mit dem Ägyptischen Totenbuch).